Los restos arqueológicos encontrados en el término abarcan desde la Edad de Bronce hasta la época ibero-turdetana. Del paso de los romanos por estas tierras encontramos una calzada y restos cerámicos.
La población tuvo su origen en el poblado de Cascajar. Después de su conquista cristiana, el canónigo Aznar Pérez y el obispo don Fernando Núñez de Cabrera, desde 1267 a 1350, adquirieron la mayoría de las propiedades de la población.
En 1549 Villafranca se incorporó al marquesado de Priego, quedando la población sometida a jurisdicción señorial. Esta situación se mantiene durante un largo periodo con los señores de la Casa de Aguilar y posteriormente con los de Medinaceli en el siglo XVIII. Ya en el siglo XX y durante la Guerra Civil la población se vio afectada por la batalla en los campos de Marte.
