El origen de la ciudad se remonta a la época islámica. Se han encontrado restos en la zona de un antigua fortaleza de esta época.
Sufrió las vicisitudes propias de los pueblos fronterizos, cambiando de manos en numerosas ocasiones. El infante Pedro se apodera de Rute hacia 1315 repoblándola de cristianos. En 1323 pasa nuevamente a manos árabes, reteniéndola hasta 1341, año en que Alfonso XI la incorpora a la corona. Posteriormente, volvió a manos de los árabes.
En tiempos de Juan II fue conquistada por Sánchez de Barrionuevo, repoblándola con colonos de Segovia. Pasó a depender del condado de Cabra en 1466, y poco después al ducado de Sessa.
La industria del aguardiente comienza a desarrollarse a partir del siglo XVII.
En la ciudad vivió el poeta Rafael Alberti durante el año 1926.
En la actualidad cuenta con 10045 habitantes, repartidos en una extensión de terreno de 131 km2 y una altitud de 635 m sobre el nivel del mar. La distancia entre cordoba capital es de 94 km.
