Se han encontrado en la zona restos arqueológicos de asentamientos íberos, romanos y tartésicos.
Este pueblo de reciente creación está asentado en tierras que pertenecían a Baena. En 1822 fueron cedidas para crear una población que acogiera a quienes tuvieron que dejar las tierras que cultivaban por haber sido sorteadas entre los habitantes del pueblo. Si bien el origen del pueblo no presenta ninguna duda, no ocurre igual con el origen de su nombre. Hay una versión que se remonta a la antigüedad, mas concretamente a un pueblo romano que tenía una fortaleza llamada Carteya, muy cerca de la actual villa. Otra versión asegura que don Diego Carro tomó el nombre de la Carteya romana cerca de Algeciras (lugar donde se desterraba a los desheredados en aquellos tiempos) al haber sido fundado este pueblo por los desterrados del Monte Horquera. Sus originarios pobladores antepusieron el topónimo de «Nueva» por ser la población de reciente constitución.
El municipio de Nueva Cartaya se encuentra a 55 km de la capital. La extensión del terreno es de 70 km2 y a una altitud de 454 m sobre el nivel del mar. Actualmente el municipio consta de 5590 habitantes.
