El medio físico ha permitido un poblamiento muy temprano y casi ininterrumpido desde época prerromana. De hecho, su población siempre fue superior a la que se debía derivar de un término municipal bastante pequeño, actualmente es de 9495 habitantes.

La extensión del territorio asciende en 30 km2 y con una altitud de 322m sobre el nivel del mar.

Fernán Núñez se asienta en parte del territorio de la población romana de «Ulia», ubicada al sur del Guadalquivir. De esta etapa romana se han descubierto restos de villas de carácter rural en el Pago de la Viña, la Cuesta de las Huertas, el Pago de la Estacada y Hazas de la Viña.

El origen del actual topónimo de Fernán Núñez se remonta al siglo XIII cuando, al conquistarse estas tierras por los cristianos, se da tal nombre a una de las torres musulmanas allí ubicadas.

La ciudad fue fundada por Fernán Núñez de Témez en 1382. Estas tierras fueron conquistadas por los cristianos, en torno a la cual surgiría en la segunda mitad de la centuria siguiente la nueva población como consecuencia del traslado a este lugar, por razones de seguridad, de los habitantes de ‘Aben Cáliz’. Más tarde la torre pasó a Don Diego Gutiérrez de los Ríos, quien construyó un castillo. Es a partir de este momento cuando la ciudad comienza a crecer.
La distancia entre la capital es de 31 km.